A la fin de la saison, le club doit faire face à une nouvelle scission. La section pro du Racing Paris 1 fusionne avec le Racing Club de Paris alors en D3, tandis que les amateurs reprennent le nom de Paris Football Club et repartent en 4e Division.
Roger Zeppellini s’est retiré. Pierre Save, supporteur de la première heure, accepte la présidence malgré un contexte difficile. Le Paris FC, composé de jeunes joueurs inexpérimentés, descend en DH.

Champion de Paris de DH en 1987/88, il retrouve la D4. La saison suivant (88/89), il termine 1er de son groupe, dispute la finale du championnat de France de 4e division et rejoint la 3e Division.
En 1991/1992, le Paris FC, présidé par Bernard Caiazzo, se classe 3e du groupe Centre. Première, la réserve professionnelle de l’A.J. Auxerre ne peut pas monter. Le second devrait être Melun, mais les Seine et Marnais, en difficultés financières, sont rétrogradés par la DNCG. Malheureusement, la situation ne bénéficie pas au PFC et, en vertu du règlement, c’est Amiens qui est repêché en 2e Division.
Sous la présidence de Didier Bariani, député-Maire du XXe arrondissement de Paris, le Paris Football Club accède au nouveau championnat, le National 1, qui remplace la 3e Division. Au terme de l’exercice 1999/2000, malgré un recrutement important, il chute en CFA.

Didier Bariani prend du recul et passe le relais à Noël Le Graët, ancien président d’En Avant Guingamp et de la Ligue Nationale de Football, également vice-président de la FFF. Il assainit la situation financière du club qui peut se permettre de redevenir ambitieux avec l’arrivée de nouveaux partenaires et d’une nouvelle direction. L’objectif à court terme est désormais la remontée en Ligue 2. Guy Cotret devient président du club en 2005.

A la fin de la saison 2005/2006, le Paris FC est champion du Groupe D de CFA et retrouve le National. Il termine 6e pour son retour après une belle saison où le club s’est positionné à plusieurs reprises sur le podium.

Son légendaire Stade Déjerine n’étant pas aux normes, le Paris FC s’installe au Stade Charléty à l’orée de la saison 2007/08. En Coupe de France, il réalise l’exploit des 32e de finale en battant le Toulouse FC sur son terrain par 2 buts à 1 avant de s’incliner face à Dijon (L2) (0-0, 6-5 tab). En championnat, le Paris FC termine 10e.