Né à Slavonski Brod en Croatie, Ivan débute sa carrière professionnelle au club de Cibala (D1 Croate). Alors que le club descend à l’issue de la saison 2012-2013, le géant croate s’impose en tant que gardien titulaire à l’âge de 17 ans. En 2015, il signe au NK Lokomotiva Zagreb en D1 croate où il dispute d’ailleurs des matchs de qualification pour l’Europa League. Il a été convoqué à plusieurs reprises en équipes nationales jeunes (U19 et U21). À la recherche de temps de jeu, il est prêté en deuxième division, au Radnik Sesvete à l’été 2017. Transféré définitivement au NK Slaven Belupo en 2018, Ivan devient titulaire indiscutable. En juillet 2021, Ivan Filipovic s’engage libre avec le Paris FC.